民国二十七年（1938年）5月，日本侵略军攻占华北重镇徐州之后，日伪政府强迫北平全市悬挂日伪国旗，并强令群众上街游行，以示庆祝。辅仁大学及其附属中学坚决拒绝执行挂旗、游行等无理要求。结果日伪震怒，强令辅仁大学及附属中学停课3天，并多次派人找校长陈垣“质问”。陈垣回答道：“我们国土丧失，只有悲痛，要庆祝，办不到！”坚决不挂旗，不游行，与日伪不屈抗争。
陈垣在元史、历史文献学、宗教史等领域皆有精深研究，留下了十几种专著、百余篇论文的丰富遗产。陈垣主要的著述有《元西域人华化考》《校勘学释例》《史讳举例》及《通鉴胡注表微》等，另有《陈垣学术论文集》行世。陈垣与陈寅恪并称为“史学二陈”，二陈又与吕思勉、钱穆并称为“史学四大家”。他的许多著作成为史学领域的经典，有些被翻译为英、日文，在美国、德国、日本出版。
民国十五年（1926年）至1952年，任辅仁大学校长。1949年以前，他还担任过京师图书馆馆长、故宫博物院图书馆馆长。1949年后，任中国科学院历史研究所第二所所长。1952年至1971年，任北京师范大学校长。
在上个世纪六十年代那场大动乱，陈垣被软禁。1971年6月21日，陈垣饮恨以殁，享年92岁。
关于陈垣其人，笔者不想多做评价，在这里只想给读者推荐以下文字：
1949年，胡适和陈寅恪同机离开北平。
由于二陈一胡（陈垣、陈寅恪、胡适）为当时中国史学界的重要人物，他们都在南京政府抢运计划的名单上。
这3个史学大师，从这一年开始分手，各自走了3条不同的道路。
胡适先飞美后赴台，陈寅恪客居广州，辞不赴京。
只有陈垣能顺应潮流，继续做辅仁大学的校长，一直做到院系调整以后的北师大。
1948年12月13日，胡适还在给陈垣的信中谈论与《水经注》有关的问题。
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