1943年4月19日，赵元任的《四部丛刊》被邮寄到胡适纽约的寓所，胡适欣喜万分，打电报给赵元任说：“ifeesribsp;asindianmaheraja.athousandthanks。”
胡适在日记中说：“我有了这三百多种书，大致可以解决我的‘书问题’了。以后所需，只有《道藏》、《佛藏》与理学书耳。”
手头的书有了一定积累，加上王重民等人的帮助，胡适基本可以安心写自己的《中国思想史》了。但是没过多久，胡适收到王重民寄来的一篇文章，激起了胡适的“考据癖”和为乡贤戴震打抱不平的强烈愿望，《中国思想史》的续写再度被搁置。
那是在1943年11月8日，胡适收到王重民书信中所附《跋赵一清校本〈水经注〉兼论戴赵全赵两公案》一文后，对王重民此文不甚满意。王重民此文所说“戴赵全赵两公案”是指清代关于《水经注》“戴震偷赵清，赵戴皆偷全祖望”的学术公案。
胡适在当天日记中说：“我生平不曾读完《水经注》，但偶尔检查而已。故对此大案，始终不曾发一言。但私心总觉此案情节太离奇，而王国维、孟森诸公攻击戴震太过，颇有志重审此案。”
也许胡适自己也没有想到，从此开始直到去世的近二十年的时间，他主要的学术精力都用在了“《水经注》案”上，写出的校勘考证文字有200多万字。同样，胡适在美期间的要精力也都用在此案上，那段时间胡适写信交往最多的就是王重民，主要内容是讨论《水经注》和委托王重民代为借阅相关书籍。此外，胡适还托当时在哈佛大学的杨联陞帮忙找书。
1946年1月14日，胡适在写给张元济的信中对自己这几年的“《水经注》案”作了总结，说他尽量收集相关版本，进行对勘，并参考明、清四百年的郦学成绩，“始知前辈诸公都不曾用充分时间比勘这五六百万字的主要案卷，所以都不免“以理杀人”。
除了上述研究，胡适还从1944年11月开始，在哈佛大学讲了八个月的《中国思想史》。
虽然身处海外，远离战争，但胡适并非“两耳不闻窗外事”。1944年12月，日军通过豫湘桂战役，实现打通“大陆交通线”的目的，国民党军队节节溃败，国内局势危急。胡适写信给美国陆军总长和财政总长，希望自己熟悉的美国朋友能够推动美国政府加大对中国的支援。
12月17日，胡适与张伯苓等实业、教育、文化界领袖21人发表联合宣言，要求盟国修改战略，并采取有效之军事行动，在中国战场打击敌人。
1945年8月14日，日本宣布无条件投降。胡适在当日给赵元任夫妇的信中开心地说：“我四月尾出门一次，就死了墨索里尼，就死了希忒拉，就结束了欧洲的战事！八月初又出门一次，就有了原子炸弹，就有了苏俄对日本宣战，就有了日本屈服求和！甚矣，夫门之不可不出也！”
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