在教育独立、学术自由的空间日益被压缩的政治氛围中，蔡元培依然尽最大的可能实现自己的教育理念。
蔡元培奉行的教育方针是科学化、劳动化、艺术化。
他常说“脑力与劳动同时并进之好处，非独养成身体发达之平均，而最大关键，乃在打破劳动阶级与知识阶级之界限。”又说“人生由小而长，而老，而死，苟无艺术之调和，则一世生活，真无兴趣之可言。……故艺术兴味，确为教育上第一要义。”
推行美育，可以说是蔡元培一生的追求。
蔡元培历来认为，美是有力量的，没有美育的教育也是不完整的教育。他曾大声疾呼“美育是最重要、最基础的人生观教育。”
他说“当每一个公民都拥有发掘美好的眼睛与心灵，拥有完善的性格、更富情趣的人生和更高的精神境界，不仅是个人之福，也是国家之幸。”
在蔡元培看来，一个完整强健人格的养成，并不仅仅源于知识的灌输，也在于感情的陶养。这种陶养就是美育。塑造全面完整的人，是美育的宗旨。
在北大校长任上，他曾不遗余力的把推行美育，做为北大教改的重要方面。担任大学院长，无疑为他推行美的理念提供了更大的空间。
年蔡元培组织大学院时，即特设立“全国艺术教育委员会”。这年月，上海成立了音乐院，蔡元培亲自兼任院长，中国现代音乐史的一代宗师、现代专业音乐教育的开拓者与奠基者萧友梅担任教务主任。
这便是中国历史最悠久的高等音乐学府——著名的上海音乐学院的前身。
年月，音乐院改名为音乐专科学校，校中设立预科、本科，并附设师范科。萧友梅担任校长，但蔡元培一如既往的关心音乐学校的建设。
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