在控制了城区的各个咽喉地段之后，剩下来的事情便是逐户清查，该抓的抓，该抄家的抄家了。当然城外的目标也没有被忽视，比如位于会安城外以西两里地的葡萄牙商会，就已经被王汤姆亲自带了一个连给围上了。
根据钱天敦上次来会安的侦察结果，常驻本地的葡萄牙人至少有四五百，这些人绝大部分都是商人和水手，虽然不及华商势大，但其武装水平却是大大高于华人，不但拥有大量的火枪，并且还自行在城外以商会会馆的名义修建了一座堡垒式的建筑。由于南越朝廷在军事方面有求于葡萄牙人，因此对于这些有逾矩嫌疑的行为一向是睁只眼闭只眼，不会主动干涉。
但海汉民团军可不会像南越人那么好对付，这次出兵会安，有很大一部分原因就是要打击葡萄牙人在南越的势力。就算不把葡萄牙人赶尽杀绝，至少也要让他们退出中南半岛，为执委会的战略规划铺好道路。钱天敦让人拿了铁皮喇叭，开始对葡萄牙会馆喊话劝降。
但葡萄牙人显然并没有立刻开门投降的意思，事实上他们的求战似乎比正主南越还强烈一些。几个葡萄牙人拿着火枪，从会馆二楼向着外围的民团军阵地开枪。虽然以火绳枪的精度，零星射击不太可能在百米外准确命中单兵目标，但这种作死的行为还是成功地激起了王汤姆的怒火。他下令终止劝降，将四门6磅陆军炮推到阵前，对准了会馆大门。
随着两声轰鸣，会馆的木制大门顿时被崩成了一堆碎片，甚至能够隐隐听到会馆中传来的惊呼声。王汤姆并未立刻下令终止炮击，而是让火炮瞄着大门，继续向会馆里发射炮弹。在进行了十分钟的连续炮轰之后，葡萄牙人终于在断垣残骸中打出了白旗选择投降这倒不是他们畏战，而是从会馆里看到外面的进攻方已经将攻城用的48磅臼炮推到了阵地上，没人会天真到认为会馆的建筑比会安城的城墙更加牢靠，如果还不投降，那接下来可能就会被埋在瓦砾当中了。
商会会长爱德华多最后还是没能逃过这一劫，他提前了一个小时就让仆人本托去准备逃命的马匹和钱财，但当他好不容易支开了众人准备跑路的时候，却发现那个平时蠢得吓人的仆人竟然带着他的银箱和坐骑偷偷从会馆后门溜走了！
而这还并不是爱德华多噩梦的终点，在代表本地的葡萄牙人向攻方部队投降之后，他才知道攻打会安城的这支军队就是老冤家海汉人。而代表海汉民团军接受投降的王汤姆同时宣布，所有投降的葡萄牙人将得到人身安全的保障，但同时作为他们武力抵抗的代价，海汉民团军将查抄他们在本地的财产。
这个举措让爱德华多等一众葡萄牙商人顿时如丧考妣，作为抢遍全球的老牌殖民者，他们当然明白海汉人可不是因为商会的抵抗才要查抄自家的财物，而是本来就抱定了心思要抢一把战胜方想要对战败方进行洗劫，总是能找到很多理由的。但他们已经选择了投降这条路，绝大多数人也没有勇气再进行任何形式的反抗，何况王汤姆同时也宣布了，任何形式的反抗都会被施为暴动，而暴动的唯一下场就是立刻处以绞刑。
但人的作死精神真是与生俱来，就算葡萄牙人面对的局面已经如此被动，还是有胆大妄为者试图要搅出一点水花。五名躲藏在会馆旁边仓库中的葡萄牙人，试图对民团士兵进行偷袭，可惜他们的身形暴露得稍早了一点，很快就被一拥而上的民团兵给按在了地上。
于是王汤姆的警告立刻就得到了兑现，五名葡萄牙人以暴乱的罪名被立刻除以绞刑。由于事发仓促，民团士兵们连绞刑架都没有搭，直接借着路边的大树完成了行刑。
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